Per Thomson la materia era composta secondo il "modello a panettone", ovvero che cariche negative (elettroni) e cariche positive (protoni) fossero distribuiti nell'atomo in modo omogeneo. Rutherford ha sparato particelle alfa su una lamina d'oro. Se il modello di Thomson fosse stato corretto tutte le particelle alfa avrebbero dovuto attraversare la lamina d'oro con una dispersione minima, dovuta dalla collisione delle particelle alfa con gli elettroni distribuiti in modo omogeneo. Invece si è osservato che una piccola parte delle particelle alfa ha subito una grande deflessione. Ciò è spiegabile solo attraverso il fatto che le particelle alfa hanno "sbattuto" contro un qualcosa più grande di loro. Quindi è nato il modello di atomo che noi conosciamo, costituito in maggioranza da spazio vuoto, con la carica positiva concentrata nel suo centro in un volume molto piccolo, circondata da una nube di elettroni.
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