Dipende da tantissime cose, se deve essere "Nativa" programmata, hai conoscenza nella programmazione oppure piattaforma che ti faccia tutto, e una applicazione semplice di qualche pagina oppure E-commerce, database etc.

Non c'è un migliore sistema operativo, ma è più una questione di uso... sarebbe come chiedere quale auto è migliore, quale Nazione per vivere meglio.... Ma se vuoi per Velocità, allora opterei per Linux..... Affidabilità su Microsoft etc. io proverei con dirci a che scopo hai bisogno il tuo sistema operativo